Pippin Prep 全自动核酸电泳和片段回收系统

手工切胶dna回收一直是一项繁琐且不精确的技术。随着高通量测序的广泛应用，希望dna片段大小回收能够自动化完成的业界需求越来越强烈。    sage science公司由此开发出了 pippin prep 全自动核酸电泳片段回收仪，高质量地完成包括建库在内的多种实验过程中分离纯化各种大小 dna 片段的需求。
产品特点：
>  软件设置片段大小范围，仪器准确完成分离纯化
>  回收dna片段直接应用于高通量测序文库构建
>  每一轮只需3-6分钟手工操作
>  一次性预制胶槽，杜绝交叉污染
技术原理：
实验运行中，软件通过实时光路检测并比对dnaladder，确定要回收的dna片段到达洗脱泳道(elutionchannel)的准确时间。通过电极切换，打开洗脱泳道，使目标片段进入洗脱通道的回收室中，从而实现回收。
操作流程：
> 一站式操作，简易直接
> 3-6分钟的手工时间
> 无复杂前处理过程
> 回收的样本可直接进行pcr扩增，参与下一步实验。
1.倾斜电泳槽，驱走气泡
2.将电泳槽放入泳室中
3.移走密封条
4.仪器自检
5.设置回收程序
6.从每个样品孔移走40ul缓冲液
7.每个孔依次加入40ul样本及marker
8.盖上盖子，点击start
9.实验结束，移走回收片段，进行下一步实验
应用范围：
    核酸片段的自动化回收可用于生命科学的多个方面。对于前沿热点之一的高通量测序（next-generationsequence），pippinprep为其文库制备过程中所需的核酸片段回收给出了详细解决方案。
产品覆盖范围: 50 –10，000bp.
pelibraries（配对末端文库）
>  1.5%(300-1500bp)
>  2% (100-600bp)
>  2% 不含eb (100-600bp)  
mirnalibraries（小rna文库）
>  3% (50-300bp)
mate-pairlibraries（大片段两端序列文库）
>  0.75% (1-10kb) 
chip-seq（染色质免疫沉淀-深度测序）
>  1.5%and 2% (sealed elution modules设计, 可用于长时间洗脱)
性能优越：
> 2%预制胶用于pe文库构建
pippinprep基本上避免了小分子量核酸片段的污染，且有更高的回收效率，提升了pe文库构建质量。
图a.   pippinprep与手工切胶的比较（用户数据）
           注意左边y轴读数为右侧的1.5倍
>1.5%预制胶用于pe文库构建
1.5%和2%预制胶均可用于pe文库构建，根据实际应用的高通量测序平台对回收片段大小的要求来从二者之中进行选择。
图b.  400bp、600bp、800bp、1000bp片段回收
> 3%预制胶用于mirna文库构建
3%预制胶能有效的将mirna 文库和接头二聚体(adapterdimers)以及大分子量的rna片段区分开并且分离纯化出来。
图c. 90bp、100bp、120bp、130bp片段回收（gdna为例）
>1.5%预制胶用于chip-seq文库构建
chip应用一般要求较宽范围(broad type)的片段大小回收。pippin prep能够满足实验需求。
图d. 300-500bp、400-900bp、550-950bp、700-1100bp范围片段回收
微量基因组dna样品中核酸片段的回收
    pippinprep核酸电泳和片段回收系统，和agilent生物分析仪的高灵敏度芯片联用，可以预先分析微量基因组dna中的片段长度范围分布，供用户选择合适的核酸片段的回收长度范围。同时agilent生物分析仪，也是评估微量微量核酸片段回收产物的一个理想选择。
低浓度的基因组dna样品在回收前，用agilent生物分析仪的高灵敏度的芯片分析。箭头所示为每个通道的上样量
在agilent生物分析仪上分析pippin prep的回收产物。用2% 琼脂糖凝胶电泳来回收中心位于150bp的紧密分布的核酸片段(pippin prep settings: bptarget = 150).插图所示为产物峰值区域的放大。
因为agilent生物分析仪的高灵敏度芯片只需ng级的dna的上样量，所以它是一个理想的工具，和pippinprep自动核酸电泳和片段回收系统联用，来分析样品中核酸片段的长度分布。知道了样品中核酸片段的长度分布，用户就可以在pippinprep系统上选择合适的核酸片段长度范围，因此，能够增强用户对核酸片段长度的选择控制，从而大大地提高文库构建的成功几率。
    agilent生物分析仪的高灵敏芯片也是评估pippinprep回收产物的一个非常好的选择，它有足够的灵敏度来评估基因组dna中的很窄的长度范围的片段回收产物。上样量低达50ng。
通过调整核酸片段的回收长度范围来提高回收产量
    pippinprep自动化核酸片段选择和回收系统被设计用于非常窄的片段分布的gdna样品制备。因此，默认的“紧密型”片段回收设置得到的产物的片段长度分布明显地比传统方法窄。如果“紧密型”片段回收设置有时不能够得到足够的回收量，用于构建文库。用于可以通过扩大片段长度的选择范围来大大地提高回收产量。
在不同片段长度范围内回收dna片段，输入dna量和输出dna量的比较
逐步扩大片段长度选择范围可以提高回收产量
如上图表所示，把片段长度范围从80 bp扩大到150bp，回收产量提高3-5倍。这些数据表明，如果“紧密型”片段回收设置不能得到足够量的产物。用户可以通过扩大核酸片段长度的回收范围，来大大地提高回收产物量。

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