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由于培养基的特性与药液有差异，培养基过滤的滤器型号可与产品使用的过滤器不同。培养基可能因含有颗粒或生物负载较大，灌装机，导致过滤器的堵塞，这种情况下可增加预过滤以避免堵塞。值得注意的是除过滤的可靠性是通过专门的过滤挑战实验验证的，无法通过培养基模拟灌装试验的结果证实。如采用过滤的方式准备培养基将方便同生产工艺衔接，但过滤器堵塞的情况时有发生，气雾剂灌装机价格，支原体污染的风险也难避免，如皋灌装机，所以应对以上情况进行风险评估并采取合理应对。
应适当考虑模拟实际生产操作过程中房间、设备、物料消毒或灭菌后放置的最长时间及最长的工艺保留时限等，如设备设施、分装容器、无菌器具灭菌后最长的放置时间等。模拟试验应涵盖产品实际灌装速度范围，基于无菌风险的角度分析评价灌装速度对工艺过程及其他方面的影响程度，如采用最慢的灌装速度、大的容器用以模拟最长暴露时间；也应考虑采用最快的灌装速度、小的容器，用以模拟操作强度/难度。
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